Sekolah ini telah dibuka secara rasmi pada 1 Januari 1973 dengan seramai 234 orang pelajar yang terpilih berdasarkan peperiksaan Penilaian Darjah 5 1971. Sebanyak 6 kelas tingkatan satu dengan 11 orang guru lepasan maktab telah ditumpangkan di Sekolah Menengah Ismail Petra, Kota Bharu yang mana Guru Besar sekolah itu, En. Alwi b. Hj. Ahmad telah ditugaskan sebagai penyelia. Pengetua yang pertama ialah En. Mahathir b. Hashim yang telah memulakan tugasnya pada 16 November 1973.

Kampus tetap SMSTMFP ini mula diduduki pada 11 Januari 1974 serentak dengan pengambilan pelajar baru pada tahun berkenaan. Majlis perasmian pembukaan kampus SMSTMFP telah dilakukan oleh Pemangku Sultan Kelantan ketika itu iaitu Tuanku Ismail Petra Ibni Almarhum Sultan Yahya Petra, Sultan Kelantan sekarang, pada Ahad, 14 Julai 1974.

Pada 21 Mei 1981 seramai 95 orang pelajar telah diterima masuk untuk memulakan Kursus Matrikulasi UKM. Upacara perasmian telah dilaksanakan oleh Naib Canselor UKM pada masa itu, Profesor Awang Had b. Salleh pada 28 Mei 1981 bertempat di dewan besar SMSTMFP. (Mulai tahun 1999, Kursus Matrikulasi di sekolah berakhir dan diambil alih oleh Kementerian Pendidikan secara langsung).

Pada tahun 1986, SMS Kelantan bertukar nama menjadi Sekolah Tengku Muhammad Faris Petra sempena nama Yang Teramat Mulia Tengku Mahkota Kelantan. Pada tahun 1995 nama sekolah ditukar sekali lagi kepada Sekolah Menengah Sains Tengku Muhammad Faris Petra, sekaligus mengimbas kembali matlamat penubuhan SBP untuk meningkatkan jumlah pelajar bumiputera khususnya luar bandar dalam aliran sains.