Sekolah Menengah Sains  Tengku  Muhammad  Faris  Petra  (SMSTMFP)  atau  nama  asalnya  Sekolah  Menengah Sains Kelantan,  merupakan  salah  satu  daripada 10  buah Sekolah  Menengah Sains  Berasrama  Penuh yang ditubuhkan pada  tahun 1973. Sebagaimana yang dijelaskan dalam  Buku Merah  Rancangan  Malaysia  Kedua  1971-1975, penubuhannya  adalah  untuk  memenuhi  aspirasi  Dasar  Ekonomi  Baru.

Sekolah  ini  dibuka  secara  rasminya  pada 01 Januari  1974.  Seramai  234 orang  pelajar  telah  terpilih untuk menjadi perintis  berdasarkan  peperiksaan  Penilaian  Darjah  Lima tahun  1971. Sebanyak  enam  kelas tingkatan  satu ( dua  kelas  aliran  Melayu  dan  empat  kelas  aliran  Inggeris)  dengan  11 orang  guru  lepasan maktab telah  ditumpangkan di  Sekolah Menengah  Ismail  Petra, Kota  Bharu. Encik Alwi Bin Hj. Ahmad, Guru  Besar  sekolah  itu  telah ditugaskan  sebagai penyelianya.

Perpindahan  ke  kampus  tetap seluas 77,649.7 meter persegi di Lot 1722, Pengkalan  Chepa dijalankan pada  11  Januari  1974 serentak  dengan  pengambilan  pelajar  baru  bagi  tahun berkenaan.Pengambilan pelajar baru diteruskan dengan 119  orang  pelajar tingkatan  1  dan  214 pelajar tingkatan  4. Jumlah keseluruhannya  sebanyak 567 orang dengan  16 kelas. 

Terdapat 4 kelas tingkatan  1,  6  kelas tingkatan  2,  dan  6  kelas  tingkatan 4 dengan jumlah  tenaga pengajarnya seramai  11  orang guru siswazah dan 9  orang  guru lepasan maktab. Pada  tahun  1976, 9 buah bilik darjah dan  sebuah  kantin  telah  dibina bagi  memenuhi keperluan kakitangan sekolah yang telah  bertambah kepada 108  orang (41  orang  guru  dan  67 orang kakitangan  bukan akademik).

Kampus  yang  diduduki  perlu  diuar-uarkan. Lantaran  itu, pada  tarikh  keramat 14 Julai 1974, berlangsunglah upacara perasmian  pembukaan kampus  SMSTMFP  oleh  Pemangku Sultan  Kelantan  ketika  itu  iaitu  Tuanku Ismail  Petra Ibni Almarhum  Sultan  Yahya  Petra. Pengurus bersama  ketika  itu ialah  Dato’ Wira Jaya Haji Hashim  bin Haji  Muhammad. 

Buat  pertama  kalinya  pada  21  MEI  1981, seramai 95  orang  pelajar  telah  melaporkan  diri di SMSTMFP untuk memulakan  kursus  matrikulasi  Universiti  Kebangsaan  Malaysia. Seminggu  kemudian,  berlangsungnya  upacara  perasmian  Kursus  Matrikulasi  oleh  Naib  Canselor  UKM ketika itu iaitu Prof. Dr. Awang  Had  bin  Salleh. Pada saat itulah bermulanya kursus  Matrikulasi  dan berakhirnya pengambilan  pelajar-pelajar untuk  tingkatan  6 di  sekolah  ini. Padatahun 1999, Kursus Matrikulasi di  SMSTMFP  berakhir  dan  diambil  alih oleh  Kementerian  Pelajaran  secara langsung.

Sekali  air  bah  sekali  pasir  berubah, begitulah  juga  dengan  SMS Kelantan  yang telah bertukar  nama menjadi  Sekolah  Tengku  Muhammad  Faris  Petra, sempena  nama  Yang  Teramat  Mulia  Tengku Mahkota  Kelantan. Selaras dengan era teknologi  maklumat pula iaitu pada tahun 1995 ,  sekali  lagi  nama  sekolah  telah  ditukar  kepada  Sekolah  Menengah  Sains  Tengku Muhammad  Faris  Petra (SMSTMFP) untuk membezakan sekolah ini dengan sekolah-sekolah harian kerana sekolah ini memberi penekanan kepada sains dan teknologi. Pada  tahun  itu  juga , kemasukan pelajar-pelajar  tingkatan  4  dalam aliran  sains  sosial  dihentikan.

Pencapaian gemilang SM Sains Tengku Muhammad Faris Petra dalam segenap aspek diakui oleh pelbagai pihak sehingga dikelaskan sebagai salah sebuah Sekolah Bestari dan Sekolah Kluster Cemerlang pada 30 Mac 2007 oleh  Kementerian Pelajaran Malaysia di bawah pimpinan YB Dato’ Sri Hishammuddin bin Tun Hussein.

Pada tahun 2011, SM Sains Tengku Muhammad Faris Petra telah dikategorikan sebagai SBP Premier seterusnya diiktiraf sebagai Sekolah Berprestasi Tinggi.

 Imej yang lebih berprestij telah diberikan kepada SM Sains Tengku Muhammad Faris Petra  apabila sekolah ini dianugerahkan sebagai salah satu daripada 10 buah Sekolah Berkecemerlangan Global atau School of Global Excellence (SGE) pada tahun 2013. Sekolah Berkecemerlangan Global atau School of Global Excellence (SGE) diwujudkan untuk merealisasikan dasar kerajaan dan agenda transformasi sedia ada, khususnya aspirasi Pelan Pembangunan Pendidikan Malaysia 2013-2025 yang digarap sebagai aspirasi murid dan aspirasi sistem.  SGE ialah program pembelajaran terancang yang disisipkan pelaksanaannya ke dalam sistem Sekolah Berasrama Penuh (SBP) sedia ada bagi menghasilkan lepasan sekolah yang mencapai tahap Bakat Luar Biasa Global atau Extraordinary Global Talent (EGT) dan Sekolah Kemegahan Negara atau National  Flagship School (NFS) yang bertanggungjawab sebagai pusat pengembangan bakat.